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El primer asedio sufrido en la ciudad de Zaragoza durante la Guerra de la Independencia tuvo lugar, el 15 de junio de 1808, se enfrentaron los ejércitos de ocupación del Primer Imperio francés de Napoleón Bonaparte con las fuerzas españolas leales a la dinastía Borbón.
Y el 27 de junio de 1808, se produjo una gran explosión en el polvorín general de la ciudad ubicado en este edificio, actual Seminario de San Carlos.


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Un carretero que abastecía de munición a sectores cercanos, dejó caer fortuitamente una chispa de su cigarro provocando la explosión. La gran cantidad de pólvora que aquí se almacenaba tuvo consecuencias desastrosas materialmente, destruyendo el estallido parte del barrio de la Magdalena. El hundimiento del edificio y de las casas colindantes, el horror por el elevado número de víctimas y el asalto de los franceses aprovechando el caos producido, pusieron a la ciudad al borde del colapso. Como consecuencia y medida protectora, en los preparativos para el segundo asedio de 1809, una de las primeras previsiones del mando fue la de diversificar la munición en pequeños almacenes repartidos en diferentes puntos de la ciudad. “El día 27 de junio, a las tres de la tarde, temblaron todos los edificios y creyeron los habitantes que iban a ser sepultados en sus ruinas. Ni el trueno más estrepitoso, ni el ruido de cien cañones disparados a la par es comparable con el que se percibió. El estremecimiento fue universal, llenóse todo de un humo denso que oscureció la atmósfera; las gentes salieron de sus casas llenas de pavor y, sin poder romper el llanto, pálidos y confusos, no sabían a dónde dirigirse” (Agustín Alcalde Ibieca, 1830).
El conjunto del Real Seminario de San Carlos se empezó a levantar, por orden de la Compañía de Jesús, bajo el nombre de iglesia de la Inmaculada y el Padre Eterno, en el siglo XVI sobre los terrenos de la antigua sinagoga del barrio judío.
A mediados del siglo XVIII, tras la expulsión de los jesuitas, la iglesia adoptó su actual nombre en honor al rey Carlos III. Por aquí pasaron jesuitas tan ilustres como Baltasar Gracián, uno de los escritores más importantes del Barroco español, que dio clase en sus aulas y escribió aquí algunas de sus obras; o San José de Pignatelli, que fue uno de los principales artífices de la restauración de los jesuitas después de sur desaparición. A principios del siglo XVIII, se redecoró la iglesia con una estética barroca muy cercana al gusto del rococó. Sorprendentemente, a pesar de la voladura del polvorín en junio de 1808, que se llevó por delante parte del edificio, la decoración se ha conservado íntegramente. La localidad de Villafeliche, en la ribera baja del río Jiloca, a unos 90 kilómetros de Zaragoza, tuvo un importante papel en la defensa de la ciudad. La producción de pólvora de sus molinos permitió mantener el suministro a los defensores, incluso con la voladura del polvorín principal.
Es una de las instituciones educativas más antiguas de Zaragoza, construido sobre la sinagoga mayor de la judería de Zaragoza. está formado por la iglesia de la Inmaculada, la casa sacerdotal y las salas de los estudios.
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Las fuentes consultadas son del Ayuntamiento de Zaragoza
